Ursprünglich gehörte die Kinzig mit ihren Zuflüssen zu den bedeutendsten Gewässern für Lachse im Rheinsystem. Der ursprüngliche Lachsaufstieg erstreckte sich bis nach Schenkenzell, etwa 75 Kilometer oberhalb der Mündung. Die letzten historischen Nachweise von Lachsen im Kinzigsystem stammen aus dem Jahr 1958. Noch im Jahr 1935 wurden dort 500 Lachse gemeldet, und nur wenige Jahre zuvor waren es noch etwa 1.800 aufsteigende Fische. Auch für Meerforelle, Maifisch, Fluss- und Meerneunauge war das Kinzigsysdtem von Bedeutung. Im Mündungsbereich bei Kehl wurde im Juli 1916 auch der letzte Stör im Oberrheingebiet gefangen (Link zum Foto).

Schon die ersten Untersuchungen der Gewässerstrukturen im Jahr 1992 zeigten das große Potenzial des Kinzigsystems für die Lachswieder­ein­bür­ge­rung. Weiterführende spezifische Strukturkartierungen und die wissenschaftlichen Kontrollen des Aufwuchserfolgs eingesetzter Lachsbrütlinge bildeten dann die Grundlage für die Festlegung des Programmgebietes. In diesem Bereich ist aktuell eine Lebensraumfläche von 68 ha für das Heranwachsen junger Lachse bis zur Abwanderung geeignet. Damit ist im Kinzigsystem ein herausragend großes Potenzial für die Lachswiederansiedlung vorhanden.

Hinsichtlich der Durchwanderbarkeit wurden in den vergangenen Jahren große Verbesserungen erzielt. Durch den Bau von Fischpässen konnten die meisten Aufstiegshindernisse durchgängig gestaltet werden. Zusätzlich wurden an mehreren Wasserkraftanlagen Fischschutz- und Abstiegseinrichtungen installiert. Hierbei konnten auch technische Neuentwicklungen erfolgreich erprobt werden.

Neben der Herstellung der Durchwanderbarkeit wurden auch bei der Aufwertung der Lebensräume große Fortschritte erreicht. In der Kinzig ist es gelungen, in den zuvor teilweise trocken liegenden Ausleitungsstrecken der Kleinkraftwerke Mindestabflüsse festzulegen. Hierdurch konnten wertvolle Lebensräume reaktiviert werden, die für den Lachsbestand unverzichtbar sind. Auch die Gewässerstrukturen konnten in mehreren ausgebauten Flussabschnitten deutlich verbessert werden.

Schon seit mehr als zehn Jahren steigen wieder Lachse und Meerforellen in das Gewässersystem auf und pflanzen sich dort fort. Bereits im November 2011 konnten im Ortskern von Willstätt mehrere Lachse beim Laichen beobachtet werden. Im selben Jahr wurden bei Kehl erstmals wieder junge Meerneunaugen in der Abwanderungsphase zur Nordsee nachgewiesen. Damit ist auch diese Art in der Kinzig wieder in einem reproduktiven Bestand vorhanden. Aus dem ursprünglichen Spektrum von insgesamt 35 Arten fehlen heute lediglich neuere Nachweise von Maifisch und Flussneunauge. Bei den Arten Lachs, Meerforelle und Meerneunauge besteht die Aufgabe heute darin, die wieder vorhandenen Bestände zu bewahren und ein erneutes Aussterben zu verhindern.

Zwei Kinzigwehre sind bis heute nur eingeschränkt durchwanderbar. Dort sind jedoch weitere Verbesserungen in Vorbereitung. Auch an den noch verbliebenen Wanderungshindernissen in den Zuflüssen stehen Umbaumaßnahmen an.

Dem außerordentlich großen Potenzial des Kinzigsystems an Junglachshabitaten stehen aktuell noch Defizite an geeigneten Laichplätzen gegenüber. Die Arbeitspläne zur Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie benennen umfangreiche Flussabschnitte, in denen über Gewässeraufweitungen die Herstellung dieser wichtigen Habitate vorgesehen ist. Diese Projekte müssen dringend umgesetzt werden.