Neben dem Alten Rhein zwischen Basel und Breisach (der durch einen spezifischen Text beschrieben wird), ist insbesondere der 103 km lange frei fließende Rhein mit seiner inzwischen wieder hohen Gewässergüte für Wanderfische Lebensraum und Kinderstube zugleich. Vieles deutet darauf hin, dass Lachse, Meerforellen und die anadromen Neunaugenarten im baden-württembergischen Rhein flussabwärts von Iffezheim wieder ablaichen. Die erfolgreiche Fortpflanzung von Maifischen wurde dort schon nachgewiesen. Begünstigt wird die hohe ökologische Qualität des frei fließenden Rheins flussabwärts von Iffezheim durch die kontinuierliche Kieszugabe der Bundeswasserstraßenverwaltung. Hierdurch entstehen flussabwärts bis Karlsruhe große Kiesbänke, die von vielen Fischarten als Laichplätze genutzt werden können.

Im Rhein erzeugen zwischen Kembs und Iffezheim zehn Großwasserkraftanlagen sowie drei weitere Kraftwerke am Ausleitungswehr Märkt bei Basel und den Kulturwehren Breisach und Kehl Strom aus der Kraft des Rheins. Der Fließgewässerlebensraum und seine Auen wurden durch den Aufstau stark eingeschränkt und die Staumauern unterbrechen die Wanderungen von allen Fischarten. Bislang werden an den Stufen Iffezheim, Gambsheim, Straßburg, Gerstheim und Märkt bei Basel sowie an den beiden Kulturwehren Fischpässe betrieben.

Auch an den Wasserentnahmestellen der großen Wärmekraftwerken am Oberrhein konnten in den letzten Jahren große Fortschritte beim Fischschutz erreicht werden. Sowohl am Rheinhafen-Dampfkraftwerk Karlsruhe, als auch beim Großkraftwerk Mannheim sind inzwischen aufwändige Anlagen in Betrieb, die Fische aufnehmen und schonend in den Rhein zurückführen.

Aktuell schwimmen mehr als 60 Fisch- und Neunaugenarten im Oberrhein, von denen 40 Arten dort auch ursprünglich heimisch sind. Bis heute verschwunden ist nur der Atlantische Stör, der zuletzt 1916 bei Auenheim im Bereich der Kinzigmündung gefangen wurde. Die anderen in ihrem Lebenslauf zwischen Süßwasser und Meer wechselnden Langdistanzwanderer Aal, Atlantischer Lachs, Meerforelle, Maifisch, Meerneunauge, Flussneunauge und Flunder kommen heute alle noch bzw. wieder vor, sind aber meist nur in geringen Zahlen vorhanden.

An den Stufen Rhinau und Marckolsheim werden gerade Fischpässe gebaut. Sobald sie fertiggestellt sind, können Wanderfische aus der Nordsee bis in den Alten Rhein (Restrhein) aufsteigen. Auch die sieben Kulturschwellen in den ausgeleiteten Rheinabschnitten bei Gerstheim, Rhinau und Marckolsheim bilden Wanderungsbarrieren für die Rheinfische und behindern auch den Zugang zu wertvollen Auegewässern und Zuflüssen. An drei Kulturschwellen sind für die nächsten Jahre Fischpässe geplant.

Nach internationaler Erfahrung und aufgrund von Untersuchungen an Fischpässen, u.a. am Hochrhein und an der Elbe, ist bekannt, dass Fische in sehr breiten Gewässern sowohl auf der linken als auch auf der rechten Flussseite aufwandern. An den großen Staustufen im Oberrhein, beispielsweise am Standort Iffezheim, ist es daher wichtig, zwei Fischpässe zu betreiben – einen auf der linken und einen weiteren auf der rechten Uferseite. Nur mit zwei Fischpässen kann der Flaschenhals bei der Durchgängigkeit an Staustufen bestmöglich reduziert werden. Am Hochrhein oberhalb von Basel ist dies heute schon umgesetzt.