Historisch betrachtet zählte die Elz neben der Murg und der Kinzig in den vergangenen Jahrhunderten zu den bedeutendsten Gewässern für den Lachsaufstieg am Oberrhein. Die letzten historischen Nachweise von Lachsen im Elz-Dreisam-System stammen aus dem Jahr 1958. Noch im Winterhalbjahr 1955/56 wurden fast 50 gefangene Lachse aus diesem Gebiet berichtet. Außer dem großen Lachsbestand nennen die historischen Quellen für die Elz auch die anderen anadromen Arten Meerforelle, Maifisch, Fluss- und Meerneunauge. Auch für sie ist aus heutiger Sicht das Potenzial für eine Wiederansiedlung vorhanden.

Im Elz-Dreisam-System wurden bereits erhebliche Fortschritte in Bezug auf die gewässeraufwärts gerichtete Durchwanderbarkeit erzielt. Seitdem im Jahr 2019 das Schwabentorwehr in Freiburg umgestaltet wurde, ist die Dreisam vollständig durchgängig. Die Elz ist zur Zeit bis zum sogenannten “Linnerwehr” im Stadtbereich von Waldkirch bei Flusskilometer 85 (ca. 22 km oberhalb ihres Zusammenflusses mit der Dreisam) durchwanderbar. Im weiteren Ge­wässerlauf bis zur Mündung des Frischnau­bachs sowie in der Wilden Gutach folgen dann noch mehrere Querbauwerke, die unter normalen Bedingungen nicht über­wind­bar sind.

Die meisten der ursprünglich im Elz-Dreisam-System heimischen 34 Fisch- und Neunaugenarten sind dort auch heute vorhanden. Wegen der immer noch eingeschränkten Durchgängigkeit des Oberrheins fehlen jedoch die Langdistanzwanderfische. Nur wenige Lachse erreichen jährlich die Elz, haben sich dort aber auch schon fortgepflanzt.

Der Wiederaufbau eines Lachsbestandes im Elz-Dreisam-System kann realisiert werden, vorausgesetzt, die bestehenden qualitativ hochwertigen Bereiche werden durch die Wiederherstellung der gewässeraufwärts- und abwärts gerichteten Durchwanderbarkeit erreichbar gemacht. Darüber hinaus ist die Schaffung zusätzlicher Laichplätze und Lebensräume für Jungfische durch gezielte gewässerstrukturierende Maßnahmen von großer Bedeutung. Ein sehr großes Projekt zur Strukturverbesserung der Elz wurde im Jahr 2017 innerhalb einer Ausleitungsstrecke zwischen Köndringen und Riegel fertiggestellt. Die Maßnahme zeigt auf einer Streckenlänge von 3,6 km gute Auswirkungen auf viele Tiere und Pflanzen. Leider wird ihr potenzieller Wert für die Fische der Elz durch die viel zu geringe und nur unzuverlässig eingehaltene Mindestwasserführung zunichte gemacht.

Ein wesentlicher Faktor für den Erfolg der Lachswiederansiedlung im Elz-Dreisam-System ist die Zugänglichkeit des Leopoldskanals für aufsteigende Fische aus dem Rhein. Um diese Voraussetzung zu erfüllen, müssen in der ausgeleiteten Rheinschlinge “Rhinau” zwei Kulturschwellen mit funktionstüchtigen Fischpässen ausgestattet werden. Nach einem Beschluss der Rheinministerkonferenz im Jahr 2020 soll dies bis spätestens 2025 geschehen.

Innerhalb der Elz haben die Ausleitungswehre der Wasserkraftanlagen “Linner” und “Kail” (ehemals “Gütermann”) den Charakter von “Schlüsselbauwerken”. Ohne deren Durchgängigkeit ist der Hauptzufluss Wilde Gutach für Wanderfische nicht erreichbar. Die Umgestaltung des Linnerwehres verzögerte sich trotz vorliegender Planung mehrfach und bis heute.