Historische Quellen beschreiben die Wiese als außergewöhnlich fischreiches Gewässer. Bis zur Mitte des 19. Jahrhunderts stiegen Lachse noch zahlreich bis in den Bereich Schopfheim auf. In den folgenden Jahrzehnten wurden ihre Aufstiegsmöglichkeiten jedoch durch den Ausbau und die Neuerrichtung von Wehren im Unterlauf eingeschränkt. Dennoch blieb der Lachsaufstieg bedeutsam und wurde erst eingestellt, als im Jahr 1932 das Wehr bei Märkt im Rhein unterhalb der Mündung der Wiese fertiggestellt wurde.

Wie die Ergebnisse von Kontrollbefischungen nach Besatzmaßnahmen zeigen, finden Lachse in der Wiese auch heute gute Lebensraumbedingungen vor.

Um die Voraussetzungen für die Wiederherstellung eines Lachsbestandes in der Wiese zu schaffen, wird mit großem Engagement daran gearbeitet, die Durchwanderbarkeit flussaufwärts und flussabwärts zu verbessern. In den letzten Jahren wurden nicht nur Querbauwerke des Landes, sondern auch zahlreiche Wasserkraftanlagen mit Fischpässen ausgestattet. Darüber hinaus wurden bedeutende Fortschritte bei der Festlegung ausreichender Mindestabflüsse in den Ausleitungsstrecken der vielen Kleinkraftwerke erzielt.

Die natürliche Fischfauna der Wiese zählt insgesamt 24 Arten, darunter auch Aal, Lachs, Meerforelle, Maifisch und Flussneunauge. Die Langdistanzwanderfische können die Wiese, wegen der im Unterlauf noch vorhandenen Barrieren, bisher nicht erreichen. Die anderen Arten sind heute größtenteils vorhanden.

Eine unabdingbare Voraussetzung für den Erfolg des Wiederansiedlungsprogramms ist die Erreichbarkeit der Wiese für im Rhein aufsteigende Fische. Hierzu sind noch Fischpässe an den Rheinstaustufen Rhinau und Marckolsheim erforderlich. Diese sind zur Zeit in der Bauphase. Auch innerhalb des Wiesesystems müssen noch weitere Aufstiegsanlagen gebaut werden.

Bereits 3,5 km oberhalb der Mündung liegt auf schweizer Gebiet mit der “Riehenteichwuhr” eine bisher unüberwindbare Aufstiegsbarriere. Die dort schon seit vielen Jahren vorgesehene Umgestaltung wurde bis heute noch nicht realisiert.

Auch am untersten noch nicht durchgängigen Hindernis in Baden-Württemberg, dem 13 km oberhalb der Mündung liegenden “Haagener Wehr” steht der Bau einer Fischaufstiegs- und Fischabstiegsanlage noch immer aus. Eine Bauplanung liegt jedoch vor.