Als Verbindungsstrom zwischen dem Atlantik und den Programmgewässern in Baden-Württemberg ist der Rhein für die Wanderfische ein bedeutender Wanderkorridor. Mit dieser Funktion alleine würde man "Vater Rhein" jedoch nicht gerecht werden. Der frei fließende Rhein mit seiner inzwischen wieder hohen Gewässergüte ist für Wanderfische Lebensraum und Kinderstube zugleich. Regelmäßig werden durch Kontrollbefischungen und an den Fischpässen Iffezheim und Gambsheim sämtliche vorhandenen Wanderfischarten nachgewiesen. Es ist darüber hinaus anzunehmen, dass Lachse, Meerforellen, Maifische und die anadromen Meerneunaugenarten insbesondere im baden-württembergischen Rhein flussabwärts von Iffezheim wieder ablaichen. Begünstigt wird die hohe ökologische Qualität des freifließenden Rheins flussabwärts von Iffezheim durch die kontinuierliche Kieszugabe der Bundeswasserstrassenverwaltung. Hierdurch entstehen flussabwärts bis Karlsruhe auf weiten Flächen große Kiesbänke in hoher ökologischer Funktionsfähigkeit. Den Wanderfischen als Kieslaicher (benötigen kiesige Sohle als Laichsubstrat) kommt die Geschiebezugabe zugute. Inzwischen muss die Arbeit der Bundeswasserstraßenverwaltung am Rhein als wesentliche Erhaltungsmaßnahme für Fischarten der Flora-Fauna-Habitat-Richtline der Europäischen Union bewertet werden.

Maifische dürften ebenfalls in diesem Abschnitt des Rheins sehr gute Laichbedingungen vorfinden. Der Rhein strömt hier ausreichend stark und die kiesigen Stellen sind für den Maifisch ideal. Junge Maifische aus natürlicher Fortpflanzung wurden flussabwärts Karlsruhe erstmals in 2013 und in größerer Stückzahl im Folgejahr 2014 nachgewiesen. Bereits seit dem Beginn der Aufstiegskontrollen an den Fischpässen Iffezheim und Gambsheim werden dort jährlich einige Maifische registriert. Im Frühjahr 2014 war dann mit 157 Maifischen in Iffezheim und 161 Exemplaren in Gambsheim ein sprunghafter Anstieg der Aufstiegszahlen zu verzeichnen. 

Der Rhein hat nachgewiesenermaßen ein großes Potenzial für Wanderfische. Sofern die strukturellen Voraussetzungen am Rheinufer künftig weiter verbessert werden und gleichzeitig die direkt am Ufer schwimmende Brut sowie sensible Jungfische vor dem Wellenschlag der Schiffahrt geschützt werden, ist von einer erheblich positiven Entwicklung der Fischbestände auszugehen.

Sämtliche heimischen Neunaugenarten werden seit einigen Jahren wieder regelmäßig und teilweise in sehr großen Stückzahlen im Rhein und den Mündungen seiner Zuflüsse nachgewiesen. Im Frühjahr 2010 konnte die Fischereibehörde am Regierungspräsidium Karlsruhe mit dem Fang von Neunaugenlarven (Fluss- und Meerneunauge) im Rheinsediment bei Karlsruhe direkt zeigen, dass sich diese Arten auch im Rhein fortpflanzen.

Interessant ist auch der Nachweis von Jungtieren an den Wasserentnahmestellen der thermischen Kraftwerke am Rhein. Im Jahr 2011 konnten in Philippsburg viele tausend abwärts wandernde Neunaugen gezählt werden. 2013 wurde dort mit dem Fund von drei jungen Maifischen erstmals der Nachweis erbracht, dass sich diese Heringsart wieder erfolgreich im Rhein fortpflanzt. Im Herbst 2014 wurden dann schon 70 junge Maifische am Kraftwerk Philippsburg festgestellt. Damit zukünftig die Wanderfische bei ihrer Abwärtswanderung an den Feinrechenanlagen nicht geschädigt werden, sind spezielle Schutzvorrichtungen geplant bzw. im Bau. Auch sollen Bypässe geschaffen werden, damit die Fische und Neunaugen ihre Abwärtswanderung in Richtung Meer fortsetzen können.