In der ersten Phase werden die Grundlagen für die Lachswiederansiedlung geschaffen. Hierzu zählen vor allem die Wiederherstellung ökologischer Fließgewässerfunktionen wie zum Beispiel von Laichplätzen und Jungfischhabitaten. Gleichzeitig müssen die aufwärtsgerichtete Durchgängigkeit und angemessene Wasserführungen in den Ausleitungsstrecken der Wasserkraftwerke (Mindestabflüsse) bereit gestellt werden. Von großer Wichtigkeit sind auch Fischschutz- und Abstiegsanlagen vor den Turbinen der Wasserkraftanlagen, damit abwandernde Lachse nicht getötet werden. Sobald diese Voraussetzungen erfüllt sind, werden Jungfische mit Abstammung aus dem französischen Loire-Allier-Gebiet in die aufgewerteten Abschnitte der Programmgewässer eingesetzt, um den Lebenszyklus des Atlantischen Lachses in Gang zu setzen. Einige Jahre danach kehren dann wieder Lachse aus dem Atlantik in die Zielgewässer zurück. 

In den inzwischen von der Mündung aus erreichbaren Abschnitten der Programmgewässer kann, parallel zur weiteren Lebensraumverbesserung, mit dem eigentlichen Bestandaufbau begonnen werden. In dieser Phase muss der Jungfischbesatz deutlich intensiviert werden. Als Elterntiere dienen nun vermehrt die bereits in das Oberrheingebiet zurückkehrenden Lachse.

Hierzu werden jährlich Rückkehrer an den Kontrollstationen In Iffezheim und Gambsheim entnommen. Ihre Nachkommen werden in den Lachszuchten bis zur Laichreife herangezogen und bilden dann einen Bestand an Elterntieren. Der Nachwuchs, der dort erzeugt wird, sind erste Jungtiere von Rheinlachsen, die auf die große Reise geschickt werden. Dieser Vermehrung der zurückkehrenden Rheinlachse dienen die Lachszuchtanlagen Wolftal im Schwarzwald und die Partneranlage Obenheim im französischen Elsaß. 

In dieser Phase müssen auch die ökologisch bedeutenden Kerngebiete der Wiederansiedlung für Lachse erschlossen und weiterentwickelt werden. Dies erfordert verstärkte Anstrengungen bei der Revitalisierung der Programmgewässer.

Parallel zur zunehmenden natürlichen Fortpflanzung wird der Jungfischbesatz in der dritten Umsetzungsphase allmählich zurückgenommen. Der wieder vorhandene Lachsbestand wird durch weitere Gewässerrenaturierungen stabilisiert und unterstützt. Lokal werden noch bestehende Eingriffe in die Wasserqualität und Beeinträchtigungen der Gewässerstruktur beseitigt.